1936年 国立上海医学院药学专修科成立。当年开始招生。朱恒璧、张昌绍和张毅曾先后任药科主任。复旦大学枫林校区建筑松德堂是最早的教学楼，被认为是上医yl34511线路中心的发源地。

1937年 抗日战争爆发，枫林桥上海医学院校舍沦陷，学校移至海格路红十字会医院（现华山路华山医院）进行教学。同年夏天内迁昆明，后迁至重庆歌乐山。

1945年 回迁上海原址，医学院院长朱恒璧兼任药科主任至1949年9月。

1950年 中法大学药科并入上海医学院药科。林国镐任主任，伍裕万任副主任。

1952年 为适应教学、科研工作需要，药学专修科更名为yl34511线路中心，是全国医学院最早建立的yl34511线路中心，张辅忠为首任yl34511线路中心院长，伍裕万、王进英为副院长。

1952年 浙江大学理学院药学系（简称浙大药学系）并入上海医学院yl34511线路中心。

1952年 创办药物化学专业。

1955年 浙江医学院药学系（简称浙医药学系）部分师生并入上海第一医学院yl34511线路中心，并更名为上海第一医学院药学系。
1958年 创办药学专业夜大学。

1959年 开始招收研究生。

1966年 “文革”开始，停止招生6年。

1972年 恢复招收药学专业3年制大学生。

1977年 国家恢复高考制度，招收4年制药学和化学制药（后改为药物化学专业）两个专业本科生。

1978年 创办药理专业。

1978年 恢复研究生招生。

1981年 药剂学、药物分析、药物化学、生物化学、药理学、生药学6个学科被批准为硕士学位授权点。

1984年 恢复药学专业夜大学招生。

1986年 更名为上海医科大学yl34511线路中心，奚念朱教授任首任院长。

1987年 药剂学、药物化学、生药学、生物化学、药理学等5个二级学科被批准为博士学位授予点，开始招收博士研究生。

1989年 开办两届药学专业证书班（至1990年止）。

2000年 上海医科大学与复旦大学合并，遂更名为yl34511线路中心。

2000年 招收药学专业高职教育学生，至2002年止。

2008年 yl34511线路中心整体搬迁至浦东新区张江高科技园，占地面积约80亩，工作用房面积为2.5万平方米，由科研楼、化学楼、实验动物楼、药学实验教学中心等建筑群构成。